Σημαντικό γεγονός γιά τη συγχρονη ιστορία τής Ιεράς Μητροπόλεως Κωου καί Νισυρου απετέλεσε η εκλογή τού Κωου Αρχιμανδρίτου Ναθαναήλ Διακοπαναγιωτη ως νέου Μητροπολίτου Κωου καί Νισυρου. Η εκλογή πραγματοποιήθηκε τήν Δευτέρα 23 Φεβρουαρίου 2009, μετά από πρόταση τής Α.Θ.Π. τού Οικουμενικού Πατριάρχου κ.κ. Βαρθολομαίου καί μέ τήν όμόφωνη ψήφο τών μελών τής Αγίας καί Ιεράς Συνόδου.
Ο νέος ποιμενάρχης τής Ιεράς Μητροπόλεως Κωου καί Νισυρου, διηκόνησε επί σειρά ετών ως Ιεροκήρυκας –αρχικά– καί εν συνεχεία, μέχρι τήν εκλογή του στήν Ιερά Μητρόπολη Κωου καί Νισυρου, ως Πρωτοσυγκελλος στήν Ιερά Μητρόπολη Καρπάθου καί Κάσου‚ ενώ παράλληλα διετέλεσε Καθηγουμενος τής Ιεράς Πατριαρχικής καί Σταυροπηγιακής Μονῇς Αγίου Γεωργίου Βασσών Καρπάθου, τής Μονής τής μετανοίας του.
Η εις Επίσκοπον χειροτονία τού νέου Μητροπολίτου Κωου καί Νισυρου τελέσθηκε στίς 8 Μαρτίου 2009‚ Κυριακή τής Ορθοδοξίας‚ στόν Πάνσεπτο Πατριαρχικό Ναό‚ από τόν Παναγιωτατο Οικουμενικό Πατριάρχη κ.κ. Βαρθολομαίο καί τά μέλη τής Αγίας καί Ιεράς Συνόδου μέ τήν παρουσία πλήθους Κωων καί Καρπαθίων, οι όποίοι μετέβησαν επί τουτου στό Σεπτό Κέντρο τής Ορθοδοξίας.
Η Ενθρόνισή του πραγματοποιήθηκε στίς 28 Μαρτίου 2009 στόν Ιερό Μητροπολιτικό Ναό Αγίου Νικολάου Κώ από τόν Σεβασμιωτατο Μητροπολίτη Καρπάθου καί Κάσου κ. Αμβρόσιο‚ εκπρόσωπο τής Α.Θ.Π. τού Οικουμενικού Πατριάρχου κ.κ. Βαρθολομαίου καί Πνευματικό Πατέρα τού νέου Μητροπολίτου, παρουσία πλήθους κληρικών καί λαϊκών. Στίς 2 Απριλίου 2009 ετελέσθη καί η Ενθρόνισή του στή Νίσυρο.
Η εκλογή τού νέου Ποιμενάρχου τής Ιεράς Μητροπόλεως Κωου καί Νισυρου κ. Ναθαναήλ έτυχε θερμής καί καθολικής αποδοχής από τό σεπτό της πλήρωμα‚ τό όποίο τόν περιέβαλε μέ αισθήματα βαθυτάτου σεβασμού‚ πνευματικής χαράς καί ενθέου ευφροσυνης. Η έλευση τού νέου Μητροπολίτου σήμανε —κατά κοινή παραδοχή— τήν έναρξη ενός ξεχωριστού κεφαλαίου στήν ιστορία τής τοπικής Εκκλησίας καί τήν απαρχή μιάς καινής‚ καρποφόρου πνευματικής πορείας.