Ο κατά κόσμον Ιωάννης Παπαϊωάννου γεννήθηκε στο χωριό Ισίδωρο Ρόδου το 1915. Από νωρίς η οικογένεια θα θρηνήσει τον δάσκαλο πατέρα και τα πέντε παιδιά θα μείνουν ορφανά και στα χέρια της μάνας. Όμως ο μικρός Γιάννης είχε έναν άλλο προορισμό.
Σπούδασε στην Θεολογική Σχολή της Χάλκης, και έγινε ένας από τους 930 αποφοίτους μέσα στα 127 χρόνια της λειτουργίας της. Στο διάστημα της φοίτησης του, την Γ΄περίοδο (1923-1951), η σχολή είχε επανέλθει στο παλαιό επτατάξιο σχήμα της.
Στις 8 Μαρτίου 1936 ήταν ένα νέο παλικαράκι, όταν χειροτονήθηκε Διάκονος στον Ιερό Ναό Αγίας Τριάδος Χάλκης από τον Μιλήτου Αιμιλιανό. Ως Διάκονος υπηρέτησε στη Μητρόπολη Ρόδου. Στις 11 Απριλίου 1943 χειροτονήθηκε Πρεσβύτερος από τον Ρόδου Απόστολο, από αυτόν άλλωστε πήρε και το εκκλησιαστικό όνομα του.
Υπηρέτησε ως Πρωτοσύγκελος της Μητροπόλεως Ρόδου μέσα στα πιο άγρια χρόνια του πολέμου και της μεγάλης πείνας.
Στις 13 Ιουλίου 1950 εξελέγη Μητροπολίτης Καρπάθου και Κάσου.
Η χειροτονία του σε Επίσκοπο τελέσθηκε στις 6 Αυγούστου 1950 στον Πατριαρχικό Ναό του Αγίου Γεωργίου.
